《南通大學學報》（社會科學版）（雙月刊）創刊于1985年，是由南通大學主辦的綜合性人文社會科學學術期刊。國內外公開發行，每期140頁。原名《南通師范學院學報》（哲學社會科學版），1991年起國內外公開發行，2005年改現刊名。獲獎情況：第三、四屆去昂過百強社科學報、江蘇優秀期刊。

《南通大學學報》（社會科學版）以馬列主義、毛澤東思想、鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面貫徹黨的教育方針和“雙百方針”，理論聯系實際，開展教育科學研究和學科基礎理論研究，交流科技成果，促進學院教學、科研工作的發展，為教育改革和社會主義現代化建設做出貢獻。

《南通大學學報（自然科學版）》是由南通大學（江蘇省省屬綜合性大學）主辦、江蘇省教育廳主管的科技類學術期刊，于2002年創刊（季刊，ISSN 1673-2340  CN 32-1755/N），并公開發行，設有“電子  信息工程與計算機科學”、“電氣  機械與控制工程”、“化工  生物與環境工程”、“紡織工程”、 “建筑工程” 、“地理科學與測繪工程”、 “數理科學”等欄目。本刊已先后加入《中國期刊全文數據庫》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》、《萬方數據——數字化期刊群》、《中國核心期刊（遴選）數據庫》、《中文科技期刊數據庫》等國內大型數據庫，并且被美國《化學文摘》（CA）、美國《劍橋科學文摘》（CSA）、波蘭《哥白尼索引》（IC）、《中國物理文摘》、《中國數學文摘》、《中國化學化工文摘》列為來源期刊或收錄。本刊已入選RCCSE中國核心學術期刊（擴展版）。

《南通大學學報（自然科學版）》本學報作為華南理工大學的學術"窗口"，及時發表本校師生高水平的科學研究成果，報道本校舉辦的重大學術活動，介紹本校的校情資料，以促進國內外學術界及社會對華南理工大學的了解。本學報主要刊載本校土木、建筑、機械、電力、化工、輕工、無線電、自動化、計算機、交通、材料、食品、環境工程、生物工程、數學、物理和化學等學科的學術論文，介紹本校的知名學者和有成就的科研集體。擇優報道國內外其他高等院校和科研單位在上述學科領域中所取得的創新性研究成果。獲獎情況：本學報榮獲1996年國家教委系統優秀科技期刊二等獎和廣東省第二屆優秀科學技術期刊二等獎；1999年榮獲全國優秀高校自然科學學報及教育部優秀科技期刊一等獎，同年獲第二屆廣東省優秀高校學報一等獎；2001年榮獲廣東省優秀期刊獎和廣東省優秀科技期刊一等獎；2004年獲全國高校優秀科技期刊二等獎；2006年獲首屆教育部優秀科技期刊獎；2008年榮獲第二屆教育部優秀科技期刊獎。

《南通大學學報（醫學版）》原為《南通醫學院學報》，1981年創刊，原刊號CN 32-1142/R， ISSN 1000-2057，季刊。南通大學組建后，2005年第1期起改現刊名。2009年，經國家新聞出版總署批準，《南通醫學院學報》更名為《南通大學學報（醫學版）》，刊號為CN 32-1807/R ，ISSN 1674-7887。由季刊改為雙月刊，每期80頁。南通大學主辦，江蘇省教育廳主管，國內外公開發行。現為江蘇省一級期刊及統計源期刊，中國醫學文摘系列、中國藥學文摘、中文科技資料目錄—醫藥衛生和中醫藥等收錄期刊；中國期刊全文數據庫、中國核心期刊（遴選）數據庫、中國學術期刊綜合評估數據庫源期刊。本刊設有基礎研究、臨床研究、研究簡報、技術方法、調查報告、病例報告、文獻綜述等欄目。

《南通大學學報（醫學版）》1989年江蘇省高校學報及全國醫學院校學報質量評比中分別獲三等獎和優秀獎；；1992年全國科技期刊評比中榮獲交通部優秀科技期刊獎；；1999年4月榮獲江蘇省優秀自然科學學報二等獎。

《南通大學學報(教育科學版)》版本目前已停刊，具體復刊時間以雜志社官方消息為準。